Beginnend mit einem bei der Prüfstelle für jugendgefährdende Medien eingehenden Antrag bzw. einer Anregung prüft das 12er-Gremium oder bei offensichtlicher Jugendgefährdung das 3er-Gremium die Gebotenheit einer Indizierung.
Dabei können Anträge und Anregungen, die sich auf Medien beziehen, die bei Kindern und Jugendlichen besonders verbreitet sind oder durch die die Belange des Jugendschutzes in besonderem Maße betroffen scheinen, vorrangig behandelt werden (§ 21 Abs. 4a JuSchG).
Eine Indizierung durch das 3er-Gremium kann nur einstimmig erfolgen. Sofern keine einstimmige Entscheidung zustande kommt, erfolgt die Überleitung des Verfahrens an das 12er-Gremium.
Das 12er-Gremium kann mit einer 2/3-Mehrheit die Indizierung beschließen, die Indizierung ablehnen oder auch wegen geringer Bedeutung von der Indizierung absehen. Periodisch erscheinende Medien können für einen Zeitraum von bis zu zwölf Monaten vorausindiziert werden.
Bei einer Indizierung erfolgt die Eintragung in die Liste der jugendgefährdenden Medien. Die Indizierung von Medien wird im Bundesanzeiger bekannt gemacht und in der Fachzeitschrift BzKJAKTUELL der Bundeszentrale für Kinder- und Jugendmedienschutz veröffentlicht. Würde die Bekanntmachung eines Mediums in der öffentlichen Liste der Wahrung des Kinder- und Jugendschutzes schaden, wird dieses in einer nicht-öffentlichen Liste geführt. Es erfolgt dann auch keine Bekanntgabe im Bundesanzeiger. Ein Schaden für die Wahrung des Kinder- und Jugendschutzes ist insbesondere dann anzunehmen, wenn die Bezeichnung in der öffentlichen Liste nur in der Weise erfolgen kann, dass durch die Bezeichnung für Kinder und Jugendliche zugleich der unmittelbare Zugang möglich wird (Beispiel: Nennung von Internet-URLs).